故事舞台發生於空中漂浮的「天空洛夫特」。人們乘坐大鳥「洛夫特鳥」，過著於空中移動的生活。於騎士學校上學的主角青年林克，爲了尋找因爲某些原因而分開了的青梅竹馬少女薩爾達，決意降落到雲朵下那片未知的大地，展開冒險旅程。

※本作提及大師之劍誕生的故事，是整個薩爾達傳說系列中時代最古老的作品。