这是一个人类内心活动均能够数值化的科技时代，同样能被量化的，还有每个人的“犯罪系数”，而原先的调查和侦破都被犯罪系数的检测所替代。维持治安逮捕罪犯的职责，当然落在了警察们的头上，但同时，这些惩奸除恶的执行官们，本身就是拥有着高犯罪系数的危险人物，因此，另一批专门监视他们的“监视官”应运而生。
作为一名执行官，狡噛慎也（关智一 配音）有着极强的业务能力，在同其监视官常守朱（花泽香菜 配音），同事征陆智己（有本钦隆 配音）、縢秀星（石田彰 配音）、六合冢弥生（伊藤静 配音）的合作下，制服了一个又一个险恶的犯罪分子。但是在执行任务的同时，慎也也对这套全靠数据说话的系统产生了怀疑。

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。