1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。

周星星（周星驰 饰）是飞虎队队长，奉命以卧底的身份到圣育强中学寻找警司于参观时被窃的配枪。周星星就算百般无奈还是接受了任务。他很快适应了学校的生活，功夫高强的他也受到了学校众多学生的拥戴，周星星也顺势调查失枪案件。警队的另一位卧底曹达华（吴孟达 饰）也参与了这个案件，最后也与同学一起合力，帮助周星星破获一踪大型军火贩卖案件。

第一部中，小马哥（周润发 饰）死在乱枪之下，宋子豪（狄龙 饰）和弟弟宋子杰（张国荣 饰）冰释前嫌，英雄的故事还在继续。
警方怀疑宋子豪的恩师龙四（石天 饰）利用船厂做掩护，暗中操纵伪钞集团，派宋子杰去接近龙四的女儿小辉，做卧底，宋子豪为了弟弟的安全，不得不假释出狱，协助警方调查。
其实，龙四对手下的犯罪行为并不知情，他被亲信高英培陷害，不得不逃亡纽约，女儿的被害，使他精神失常，在小马哥弟弟阿健（周润发 饰）的帮助和保护下，才渐渐恢复神智。出于道义，阿健放弃了经营多年的餐厅，同龙四共同返港。
香港这边，宋氏兄弟几近艰险终于获得了高英培的信任，掌握了伪钞集团的犯罪证据，和阿健、龙四会和后，四人策划了火爆的复仇行动，也付出了鲜血甚至性命的代价。

章在山（刘德华 饰）是香港警队“爆炸品处理科”的一名高级督察。七年前，他潜伏到头号通缉犯火爆（姜武 饰）的犯罪团伙中，在一次打劫金库的行动中，章在山表露了其拆弹组卧底的身份，与警方里应外合，成功阻止炸弹引爆，并将火爆及其弟的犯罪组织一网打尽，可惜在千钧一发之间，火爆逃脱并扬言誓要报仇。复职后的章在山很快被晋升为警队的拆弹专家。七年后，香港接二连三遭遇炸弹恐怖袭击，警方更收到线报大批爆炸品已偷运入港，一切迹象显示香港将有大案发生。就在香港人心惶惶之际，城中最繁忙的红磡海底隧道被悍匪围堵拦截，数百名人质被胁持，终于现身的火爆威胁警方炸毁隧道。章在山唯有将火爆绳之于法，才能拆解这场反恐风暴背后的惊天阴谋。