江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。
这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。
这一切都是命运石之门的选择。

故事描述的未来既残酷又美丽...。绝望跟暴力蔓延着在这被世人所遗忘的街道˙流9洲。一名为了生存参加生死拳击赛而失去生命的少年˙栎士，还有可以预看未来之少女˙兰。加上欧尔卡诺之领袖˙大西京吴，以及对这片土地有着深藏于心的雄心壮志之男子˙吉井，组成了【机魂末世录】的故事。
欧尔卡诺以武力统治着流9洲。劳工阶级的武装集团，由其精神领袖木保所率领的救民--一群倡导自由的年轻人所组成的集团˙兰卡。最后是决定远离这个街道，而独自建构生活圈的加贝。就是这样的零星琐碎的集团斗争，巧妙地维持这街道的平衡点，这对街道的和平来说是必要的。还有以生化科技义肢接在人类身上之稀少物质，以及被遗忘的城市之唯一生存意义˙拉菲亚花。象征这街道的欧贝里斯克纪念碑，静静地眺望着这街道喧哗。绝望之狂想曲正在这被世人遗忘的城市演奏着......