马德拉斯（小林沙苗 配音），一位行迹诡异的杀手，活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特（桑岛法子 配音），一笔价值不菲的遗产的唯一继承人，从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子，其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的，只有“马德拉斯”这一个名字。
一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡，而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特，他们派出了特务卡罗莎（森川智之 配音）潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特终于相遇了，她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密，与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎（雪野五月 配音）一起，揭露了安纺贩卖军火，并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。

1792年，江户最黑暗的时代，剑士万次（关智一 配音）杀死自己的恶官上司之后开始了逃亡的路途。在逃亡中，他又在无意之中杀死了前来追捕的妹夫。后悔莫迭的万次想要放下屠刀，但形势的逼迫又让他不得不继续战斗下去。万次的体内被八百比丘尼埋入了一种叫做“血仙虫”的异物，这种异物可以让宿主拥有不死之身，但同时也会带给宿主无尽的痛苦与折磨。为了解开这不死的诅咒，万次决定斩杀一千个恶人来赎回自己曾经所犯下的罪孽。
在千人斩的过程中，万次结识了背负着黑暗命运的少女凛（佐藤利奈 配音）。万次被凛的身世打动决心为她报仇，而之后，凛的敌人便像走马灯似的一一登场。在万次不断麻木的挥刀斩杀时，悲伤的他开始渐渐的有了疑惑，杀一百人也好，一千人也好，这个世界真的会就此变好吗？就在万次动摇的时候，另一双眼睛正虎视眈眈的盯着他所拥有的，珍贵的不死之身。

吾妻玲二（入野自由 配音）本是一介普通的少年，一次偶然中，他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中，作为目击证人，玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯（千叶一伸 配音）发现了玲二体内所隐藏的强大力量，如获至宝的他消除了玲二的记忆，取名Zwei，并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。
负责训练玲二的少女名叫Ein（高桓彩阳 配音），她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容，但在内心里，她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里，Ein的人性被重新唤醒，她意识到了自己危险的处境，不愿意再被人利用的Ein和玲二约定，两人决心逃出组织的掌控，重新回归自由的生活。

本来平静的网络世界“THE WORLD”，由于出现了一位无法下线的咒纹使而泛起了波澜，这位叫“司”的角色由于携带违反游戏规则的守护者而遇到红衣骑士团的通缉以及其他玩家的围攻，而在现实世界，选用“司”的女性却陷入了原因不明的昏迷中，为了调查这个谜团的人们被卷入了奇异事件中……

失去了过去的主人公夕雾香气与欧洲的黑社会舞台“杀手”米雷优一起合作杀手工作，组成了NIOR。
雾香已经失忆，但是在她的房间里却留下一把手枪、一只怀表和一个她的假身份——夕丛雾香。她天生的杀手直觉与米雷优一起对付科西嘉岛黑手党。
欧洲、中东、亚洲种种的“任务”使她们成为同志。可是，为了找寻各自的记忆与真相，她们偷偷靠近迷一样的组织“索尔达”的影子...。
索尔达的原形是什么？目的是什么?而且NOIR的名称真正的意思是什么?
在与敌人展开的战斗中，她们的合作默契，完美，但是真正的事实却在悄悄潜近她们身边。失去过去的雾香、发誓为家人报仇的米雷优，她们的战斗从现在开始...