木之本樱，是擅长体育的小学4年级学生。某天，小樱从学校回家，在平常都没有人的地下书房发现似乎有什么人的样子。小樱走下去一看，那里有一本闪耀着金色光芒的书。里面装有牌，然而，在读写在上面的文字的时候，刮来了剧烈的风，牌四处飞散开去。从书的最后，出现了名为可鲁贝洛斯的奇妙生物，书中写着“库洛牌的封印被解开之时，灾难就会降临世间”之类的话。随后，可鲁贝洛斯将封印的钥匙交给了小樱，令她成为收复牌的魔卡捕获者。当晚，小樱用魔法与实体化的魔卡对决……

不动珍是一名年轻的职业模特，自从遇见一位自称为阿斯卡兰的神秘女子后，平静的生活被打乱。原来兰隶属于一个跨政府的组织：人类同盟，珍在兰的实验室内面对怪物时变身为兽人！一系列突如其来的打击令珍几乎崩溃。
世界各国都陆续发现妖兽，其中有不少失去了人性而成为纯粹的野兽，给社会带来危害，但由于各国政府的掩盖，这些事件都不为大众所知；同时兰告诉珍：她的存在是特殊的！因为她是恶魔人：具有惊人力量、邪恶的心、却保留着人类脆弱感情的生物；她的存在就是为了消灭这些妖兽。
珍的唯一好友泷浦和美一直把珍当做是自己的亲人，双亲被敌视珍的妖兽杀害后，她与珍更加亲密。在与妖兽不断的杀戮中，珍越来越迷惑自身的存在。而兰却渐渐显露出她的目的：原来她也有兽性基因，为达到目的她不断的利用善良的珍。珍虽然察觉到这些，但是自己的内心却无法抗拒兰的每项要求（命令）。
妖兽的变身需要突变的兽性基因，虽然普通人可借用憎恨、欲望而妖兽化，但是与妖兽的接触同样会引发普通人的基因突变，日本国内的妖兽由此越来越多，当局已经无法再掩盖事实。此时由兰所提议的一项计划得到实施：给全体国民注射防止兽化的疫苗！同时把那些有兽化征兆的人关进集中营。可谁又知道，这是兰的一个阴谋：所谓的疫苗只会加速基因的突变！疫苗导致国民的不断兽化，日本政府机构的职能几乎完全瘫痪。美军进驻了日本，而兰也进化成大天使，以一副带给世人幸福安详的姿态出现在天空。
失去了和美的珍清楚的知道，建立在无数鲜血上的天使是多么的虚伪，为了亲人与那些被屠杀迫害的兽人们，一场恶魔与天使的决战终于爆发……

此劇場版為EVA真結局。包含兩部分：
第一部分：「DEATH (TRUE)2」《死與新生》
其中《死與新生》分為兩個部分：1-1「DEATH」篇和1-2「REBIRTH」篇。
1-1「DEATH」篇是60分鐘的電視動畫修正版，包括了重新製作的鏡頭和一些新鏡頭。本片採用的版本，稱為「DEATH (TRUE)2」，是對「DEATH」的重新剪輯，作了一些小修改。
1-2「REBIRTH」篇
是《THE END OF EVANGELION》的第一部分，即早期未完成的版本。

第二部分：「“Air/まごころ、君に”」《真心為你》劇場版。