故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。
美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。
8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了：“24岁的小昇你好，我是15岁的美加子哦！……”手机屏幕上映出这样的话来。

吉冈春（池胁千鹤 配音）是一个普普通通同时又有些迷糊的女高中生，某天放学的路上，她偶然救下了一只险些丧生车轮之下的小猫，谁曾想小猫竟然直立起来以人类的方式对女孩表示感谢。小春更想不到的是，她不经意的善举改变了自己的命运。原来小猫是猫王国的王子，为了报答小春的恩情，猫王国举国上下展开了令人啼笑皆非的报恩行动，只不过它们视为“上品”的老鼠令小春哭笑不得。不久后，小春接受王国的邀请前去做客，期间竟稀里糊涂答应成为王子的妃子。女孩眼看就彻底变成了一只猫，神秘的男爵（袴田吉彦 配音）成为她的救命稻草……
本片亦被视为《侧耳倾听》的番外篇。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

修次和千濑本来只是两名普通的中学生，虽然两人关系比较暧昧，但是由于他们都不善于谈恋爱，好不容易千濑大胆告白后两人尝试进行交往。原本，两人的青涩恋情应该正逐渐走上正轨时，意外却发生了。战争毫无声息的突然爆发，敌人的战机像下雨般空投炸弹。而这时，一个神秘物体却出现在天际，敌人的战机被一架架的击落，一场危机暂时得到化解。而身临现场的修次，却清清楚楚的看到那击落敌机的神秘物体尽然是长着翅膀和巨大武器的千濑。原来，千濑是军方的秘密改造兵器，拥有不可思议的毁灭力量。千濑好不保留的把这些秘密告诉了修次，修次面对这昔日的恋人，到底还是无法接受眼前的千濑。两人普通中学生的命运也因此而改变。

也不是特别伤心，也不是想哭，只是不愿想起那时候的事。现在我只想好好睡觉……那时候这附近本来遍
地绽放蒲公英之花。敲钟的时候，花被风一吹，银色的种子就飞起来　她 站在那之中，一切的一切都只是
一场梦
是梦……
她…
在那时候死了……

本来平静的网络世界“THE WORLD”，由于出现了一位无法下线的咒纹使而泛起了波澜，这位叫“司”的角色由于携带违反游戏规则的守护者而遇到红衣骑士团的通缉以及其他玩家的围攻，而在现实世界，选用“司”的女性却陷入了原因不明的昏迷中，为了调查这个谜团的人们被卷入了奇异事件中……

一座古色古香的咖啡馆内，却被各种交谈的言语所充满。柜台前，青年落寞地独自而坐，他不久前刚被女友甩掉，心中百感交集，女招待偏偏又言语犀利，两人你来我往，争论不休。另一边，两个女人正在交换着从“朋友的朋友”那里听来的完全不可靠的八卦，乐此不疲。旁边的桌子上，两个男人先讨论着“言灵”，随后又是墙上画作里的鱼到底消没消失等玄幻话题。另一边桌子，一个独自前来的客人兀自看着咖啡馆内提供的所有科幻小说，完全沉浸在书中的情节描写里。
并不宽绰的空间，七个人喋喋不休的言语充斥每一个角落……

那是发生在“我”只有五岁时候的事情，距离我的村庄约四五天马程有一片黑森林，森林腹地耸立着一座破败陈旧的古堡。古堡内住着一名神秘剑士。他扶危救贫，不以钱作为报酬，而只收取少数特定种类他所感兴趣的古书。
庆祝收获节时，我从某个英国人那里偷出一本古书，狂命奔跑。在靠近黑森林的草原上，终于筋疲力尽跌倒，昏睡过去。不知过了多久，我从黑暗中苏醒，眼前是壁炉燃烧的熊熊烈火，黑色剑士坐在摇椅上安静地读书，四面墙壁均是不知诞生于何年何月的古书。我鼓起勇气奉上那本偷来的书，请求剑士帮忙赶走荼毒爱尔兰村民的英国士兵。剑士并没有立刻答应下来，接下来的数日他静静翻阅我带来的书，直到有一天他僵硬的嘴角露出一丝笑容……

连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。

《攻克机动队》动画TV版，分2季。
第一季描述：公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。
第二季故事发生在笑脸男事件结束后，公安9课面对了新的敌人，自称“个人的11人”的反政府武装组织开始了计划周密的犯罪，其背后牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对政府与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。