为了寻找下落不明的太子（图特哈蒙 配音），大护法（小连杀 配音）来到了一个诡异而又古怪的小镇上，在那里居住着一群不会说话的花生人，它们夜夜点燃来路不明的油灯，将天上漂浮的巨大花生熏得黑漆漆的。
大护法在镇上找到了藏匿在此的太子，并遇见了一直在保护着太子的小鸣（幽舞越山 配音）和会说话的花生人小姜（李兰陵 配音），在大护法的威逼利诱之下，太子同意跟他回去继承王位，却在半路上遭到了绑架。在解救太子的过程中，大护法渐渐解开了这个小镇上隐藏的骇人谜团，与此同时，他的强大宿敌亦在身后步步紧逼，企图将他置于死地而后快。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。