《新世纪福音战士》电影版第1部。分为“DEATH篇（死亡篇）”与“REBIRTH篇（新生篇）”两个部分。“死亡篇”以原TV版动画第1集到第24集的内容为基础，重新剪辑了一个总结篇。“新生篇”内容承接第24集内容：
第十七使徒被消灭后，SEELE向NERV下达命令，要EVA初号机负责执行“人类补完计划”。然而碇元度不认同SEELE的做法，拒绝执行。SEELE认定这是一种叛变的行为，决定把NERV彻底消灭。
破晓时分，NERV本部突然遭到来自战略自卫队的袭击，他们对NERV的人员进行了惨无人道的大屠杀。为了保护驾驶员，葛城美里命令把精神崩溃的明日香送上二号机，并放在湖底的深处，自已就亲自去救碇真嗣 。但此时的碇真嗣已经处在精神崩溃的边缘。

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。