动画以江户时代锁国政策支配下的日本为背景，讲述了身世悲惨的混血儿水（玛雅·厄斯金 配）的复仇故事。

《宫本武藏》（宮本武蔵）为1961年5月27日上映的日本时代剧电影，由东映电影公司制作，内田吐梦执导，全系列共5部，此作为第一部。

1865年，美国内战结束。但战士的心却无法安宁，在随即而来的大规模西进运动中，刚刚从内战硝烟中幸存下来的白人士兵，又被带到了击杀印第安人的第一线。 上尉纳森.欧格仁在战争中见证了过多的鲜血与暴力，以至于迷失了自己的灵魂；特别是看到上级军官——上校本杰明巴格利屠杀印第安人时，他更感到作为战士的荣誉感消失殆尽。在义勇与牺牲精神被新时代的功利与自私主义代替时，沉浸在往日光荣梦想中的纳森.欧格仁只能整日借酒浇愁。
一个偶然的机会，纳森.欧格仁被推荐给来自大洋对岸的新成立的明治政府代表，去给日本训练第一支现代化军队。消沉的纳森.欧格仁觉得这个工作不错，至少他还可能像个真正的战士一样死在战场上。 纳森.欧格仁所训练的军队第一个要对付的，就是妄图阻挡现代化进程的顽固武士集团。在一场浓雾中的激战后，不仅天皇的现代化军队被击败，连教官艾尔格兰本人也被武士们俘虏。尽管在搏斗中他杀死了围攻他的一名武士，但并没有得到料想中的速死。相反，武士集团首领胜元生擒了他，并派自己的妹妹多香照顾他；而多香的丈夫，正是被纳森.欧格仁杀死的武士……
身处武士及其家属聚居的村落里，纳森.欧格仁竟然发现自己居然不由自主地爱上了武士文化，从武士道的精神与肉体修炼中，他似乎又找到了一个战士应有的荣誉感。同时，在多丽子的悉心照料下，似乎有某种微妙的感情在他们之间产生。然而，历史的车轮是不可逆转的，明治政府自然不会放弃现代化进程，武士与天皇军队之间终有一战。已经为武士道深深着迷的纳森.欧格仁该何去何从？

幕府末年的海阪藩，下级武士清兵卫（真田广之）在妻子病逝后，以微薄薪俸独自照料痴呆老母和两个年幼女儿，由于每日结束工作后都是匆匆回家从不参加应酬，他被同僚们戏称为“黄昏的清兵卫”。与清兵卫青梅竹马的朋江（宫泽里惠）同丈夫离婚回到娘家后，常到清兵卫家代他照顾母亲和女儿，招来不少蜚言蜚语。清兵卫显露高超剑技击退了无理纠缠的朋江的前夫，然而当朋江的哥哥建议他迎娶朋江时，他却因不想让朋江吃苦婉拒了好意，致使朋江自此绝迹于他家。藩主得知清兵卫的才能后，强命他前去处决一名力敌数人据守不出的反叛武士。临行前，清兵卫向朋江表白了隐藏心底已久的爱意，不想对方已经答应另一门亲事，清兵卫黯然踏上生死未卜之途。