在一间朴实无华的日本餐厅中，几名食客因为对于特定菜品的钟情而建立了一种简单而深刻的心灵之交。
午夜钟声响起，主顾们带着辘辘饥肠和一段等待倾诉的故事走进食堂，品尝着老板端上的特制菜肴和心灵慰藉。

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在颓唐无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3•11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对后者展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。
平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……