《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。
亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

东京都内发生一起连环爆炸事故，警视厅搜查一课林田虎之助（水岛宏 饰）与上司丹原朋实（香川照之 饰）在现场逮捕了疑似嫌疑人的古怪男子九十九龙介（木村拓哉 饰）。警视厅内，龙介却利用缜密的推理能力很快揪出了真正的犯人，令两人惊诧不已。原来龙介竟是科学警察研究所（IPS）脑科学部的新主任。五年前还在夜店工作的他因一次意外右脑变得异常发达，从而成为一名优秀的脑科学者。在IPS脑科学部，龙介以特立独行的方式带领着从化学部调派来的唯一助手由里和音（绫濑遥 饰），协助警视厅侦破了诸多看似匪夷所思的棘手案件。
本剧每集都邀请明星客串，广末凉子、市川海老藏、Gackt、龟梨和也、仲间由纪惠、香取慎吾等人悉数登场。