上一部中，熊猫阿宝（杰克·布莱克 Jack Black 配音）功成名就，成为名震四方的神龙大侠。平日里他随同师傅（达斯汀·霍夫曼 Dustin Hoffman 配音）以及盖世五侠：悍娇虎 （安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 配音）、猴王（成龙 Jackie Chan 配音）、快螳螂（塞斯·罗根 Seth Rogen 配音）、俏小龙（刘玉玲 Lucy Liu 配音）、灵鹤（大卫·克罗斯 David Cross 配音）在和平谷修炼，生活悠哉游哉。这一日，一伙恶徒闯入山谷抢夺金属材料，在与他们交手中阿宝意外产生幻觉，由此对自己的身世感到疑惑。
另一方面，恶徒的魁首白孔雀沈王爷（加里·奥德曼 Gary Oldman 配音）正图谋闯入王宫，称霸全中国。新的正邪大战拉开序幕，阿宝他们面临前所未有的挑战……

本动画片以讽刺笔触讲述了人类的所谓文明发展史其实是一部充满杀戮和鲜血的战争史。
从古代到现代，从西方到东方，从野蛮到文明，武器永远是人类征服同类称王称霸的不二法宝，随着年代的递进，武器的级别越来越高，但它的杀戮本质从没改变过，而掌握武器之后，权利、财富和美人也招手即来。但再伟大的胜利者，在大自然眼中也是失败者，人类从来都是大自然嘲笑的对象。