卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……

售卖佛像的古董商人坎杰 是个无神论者。他把佛像视为玩具，不明白那些花招百出的宗教仪式，希望把女儿培养成飞行员，把儿子培养成板球球员。古董店寄托着他全部的希望和感情。某一天热闹的祭祀仪式上，坎杰为了把参与活动的儿子揪回去，开了神的玩笑，被教派的头目警告会遭到神的报应。当天天气突然由晴转阴，且引发了一场地震。其它店铺无一受损，唯有坎杰的店被震的面目全非。本以为投了保险可以挽回损失的坎杰被保险公司告知这属于不可抗力的天灾人祸，不在承保范围内。一无所有的坎杰一纸状书把神告上了法庭。而被告人则是那些借助神灵名义四处捞金的教派头目们。一场看似离奇的官司就这样展开，而神灵 本人似乎也对此事很感兴趣，他隐藏在人群中，来到了坎杰身边，也改变了坎杰对宗教的看法……