东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌……
本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。

活跃于全世界，全天下的宝石大盗怪盗基德，激起了大富豪——铃木次郎吉与他对决的执着，因而对基德提出挑战书:具有“天空的贵妇人”美名之称的宝石就放在世界最大的飞行船「贝尔·雪利二世号」中，能偷的话就来偷偷看，限制时间为东京到大阪6小时飞程。小五郎、小兰以及少年侦探团也获邀次 郎吉的招待搭乘此次飞行。能偷得到吗？能抓得到吗？就在以广阔的天空为舞台进行心理战的同时，神秘的恐怖分子「红色暹罗猫」袭击飞行船！到底挟劫的目的为何？基德与柯南间的对决又将会如何！一场基德的华丽偷盗又有什么人来插脚呢？惊心动魄的场面基德逊色了吗？

在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。
狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探三人组元太、步美、光彦的面前大失身手，还暴露了真容，不过却被步美他们认作新一。另一方面，丢失了钻石的酒店方似乎另有企图……