2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

经验尚浅的小律师青砥纯子（户田惠梨香 饰）应聘上了大型律师事务所名律师芹泽豪（佐藤浩市 饰）的助理。就职第一天，既忐忑又兴奋的纯子被交代了去和大型商贸公司的社长会面，并被告知要顺着对方的意思。纯子在迷糊中答应了社长的私人请求，即帮忙调查新日本葬礼社社长的密室死亡案件。
而芹泽这边，因为纯子的原因意外被关进了银行的金库里，在大家都焦头烂额的情况下，来自保安公司的榎本径（大野智 饰）完成了不可能的任务，以高超的技术开启了金库的大门。好奇心爆棚的纯子因此拜托对密室有兴趣的榎本参与解决这桩密室死亡事件。
于是芹泽、纯子和榎本组成了密室案三人组，接二连三阴差阳错地解决了各类密室杀人案，上锁的房间一一被开启。沉默寡言一心研究撬门溜锁的榎本也在一系列的案件中得到了芹泽和纯子的信任和喜爱，而榎本的背后似乎掩埋着什么不可告人的秘密？