一名轻度自闭的航天工程师罗伊，他的父亲在20年前离开地球前往海王星，寻找外星智慧生物。不料任务失败，有去无回。而罗伊此次也要飞越太阳系，找到父亲，并查清当年失败的原因。

英国探险家珀西·福斯特（查理·汉纳姆 Charlie Hunnam 饰）深入神秘的南美洲亚马逊丛林探险，竟发现未知的文明生活迹象，他回到英国公开这个意义深远的重大发现，却被当成笑话嘲弄，没有人愿意相信他的话。在爱妻尼娜（西耶娜·米勒 Sienna Miller 饰）无怨无悔的支持下，福斯特决心带领儿子杰克（汤姆·霍兰德 Tom Holland 饰）重返亚马逊丛林，寻找古文明存在的证据，一行人却离奇消失，从此再无任何音讯，成为史上最神秘又悬疑的失踪事件。