不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

达德（约翰·李·米勒 Jonny Lee Miller 饰）是一名出色的天才黑客，曾经，股市因为11岁的他的小小恶作剧而差点崩盘，达德因此被剥夺了使用网络的权利，如今，已经成年的达德终于重新获得了这一权利，跃跃欲试的他摩拳擦掌，准备在网络上重新大展拳脚。凯特（安吉丽娜·朱莉 Angelina Jolie 饰）和乔伊（杰西·布拉德福特 Jesse Bradford 饰）都是如同达德一样的黑客，他们因为趣味相投而走到了一起成为了好友。
普拉格（费舍·史蒂芬斯 Fisher Stevens 饰）曾经是一名技术高超的超级黑客，如今，被招安的他成为了一家大公司的系统安全专家。背地里，普拉格和黑恶势力勾结，谋取公司账户里的巨额财产，此外，他还发明了一种能令全球网络陷入瘫痪的可怕病毒。一次偶然中，达德一行人发现了普拉格的罪恶和阴谋，他们决定给利用自己的力量，阻止普拉格。

马丁20 年前曾因用电脑盗款而受到通缉，后来他改邪归正，隐姓埋名，与另外四个电脑迷成立了一个电脑公司。一天，两个国安局人员聘请马丁帮他们盗取电脑解码专家高达新近研制的一个黑盒子。他们怀疑这黑盒子是用来进行间谍活动的。马丁被迫下只得接受了任务，潜入窃取了黑盒。原来这是一个万能解码器电影下载。有了它，世界上根本没有任何秘密了。这一发现，使曾在中央情报局工作过的黑人里巴斯大惊失色。经验知道，对于这样一个黑盒的持有者，任何政府都会格杀。因此，五人如临大敌，做好了一切准备。第二天，马丁刚交出黑盒，便看到报上看到高达被谋杀的消息。可是里巴斯后来发现，高达本来就是受国安局之命进行黑盒研究的。显然，马丁的雇主并非国安局，马丁首先想到外国间谍……