1996年，香港警方预备在回归前夕涤荡黑帮势力，营造法制环境，戴先生掌控的社团首当其冲在打击范围之内。是夜，戴先生社团五大堂主之一的占米被人暗杀，身中两枪生死未卜，占米之妻张桦（蔡少芬 饰）远在台湾，授意保镖伍宝（余文乐 饰）代理老大一职调剂各方关系，阻止老二黑水（杜汶泽 饰）向其他四位堂主寻仇，咖啡（黄贯中 饰）、木星、沙纸三位堂主闻风而动，在乱局中各有盘算。真实身份是警方卧底的伍宝当夜宿醉难耐，又要在短短几小时内周旋于社团、黑水与警方之间，暗恋伍宝的亚玲（江若琳 饰）跟随相助，但社团混战随时可能爆发。另一方面，掌握了真凶的警方暗中布置，趁机派出内应把事件复杂化以便将社团一网打尽……

1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义（刘青云 饰）正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真（古天乐 饰）家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥（吴彦祖 饰）年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。
三兄弟在负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。在继续的监听过程中意外获得一则情报，巨额利润诱惑之下，三人遂起贪念，在风起云涌的股市大赚一笔。事后三人又恐事情败露，利用职务之便销毁罪证。
正当三人以为这件事平息之际，却不曾想风云再起，一只意想不到的黑手往他们袭来，三人陷入劫境，连遭杀戮，最终悲情收场。
“三大型男”挑战极限，两大班底（《无间道》、《门徒》）共同打造，一段悲情感人至深。

黑帮社会错综复杂，黑帮首脑金度升（米高边 饰）越狱成功，让香港警方更是陷入了高度戒备。更棘手的是，金度升正在实施一套复仇计划，把警方头号通缉犯段边虎劫持并杀害。他的下一个目标，正是段边虎的弟弟段边豹。
这个险境环生的黑帮世界，竟然牵连进来了一个善良的女子游静。游静是段边虎的女友，却从来没有想过，自己其实只是一个被利用的人，更因此而卷入金度升的复仇计划。眼看香港即将迎来一场风起云卷的杀机，“猛龙”特警队的一众成员（任达华、吴建豪、余文乐、夏雨、周俊杰、黄圣依等饰）开始了惊心动魄的行动。