这是一个被命运背叛的男人，战斗、继续战斗、不断战斗的热血故事。
日复一日，地下村庄基哈村的少年西蒙始终拿着钻头挖掘，并习以为常。但是，西蒙的好友，被称为“大哥”的卡米那终日叫嚣着所谓地上的世界。“穿破天际，到地上的世界去看一看吧”卡米那每日这样想着。但一直未能成功。直到一天，巨大的机械怪物——“颜面”打破村子的天井，进入村子破坏。确认了地上世界的存在，卡米那热情高涨，与地上来的少女优子、小弟西蒙三人一起对抗颜面，并驾驶西蒙意外挖出的机械——“裸眼”冲出了天井，达到了地上的世界！
地球表面展现在少年少女面前，但其实地表上有更多的“颜面”，不断战斗的冒险故事就此展开。西蒙的未来，以任何人都无法想象的方向展开。

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第三新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关 NERV 的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的 NERV 总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶 EVA 初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14 岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。