怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？
此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！
同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……

出色的间谍“黄昏”化身为心理医生劳埃德·福杰，与拥有“读心术”的超能力女孩阿尼亚、杀手约尔组成各怀秘密但意外温馨的“伪装家庭”，在共同经历笑料百出的家庭闹剧后，将踏上第一次“家庭旅行”。然而，在愉快的旅途中，阿尼亚却发现了一个可能会撼动世界和平的“秘密”，令人措手不及的大危机事件来袭！世界的命运，又一次掌握在了这意外不断的临时一家人手中！