愛德華與阿爾馮斯兩兄弟為了讓死去的母親復活而使用鍊金術，但是鍊金失敗使愛德華失去了左腳，讓阿爾馮斯失去了肉體。於是愛德用自己的右手作為鍊金的代價，讓阿爾馮斯的魂成功的附在盔甲上，為了取回一切，他們踏上了尋找“賢者之石”的旅程！