14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。

一场毁灭人类的灾难来袭，人类面临最后的危机。几位少年，驾驶着EVA，开始了拯救人类的艰巨任务！
灾难的真相究竟是什么？
神作归来，经典巨献！
这里是你我的绝对领域！

高中生小矶健二是一个老实内向的数学天才，夏日的一天，他应邀来到美丽的学姐——阵内夏希的家乡打工。结果发现，打工的内容竟是假扮夏希的男友。阵内家祖上曾是与德川军团殊死激战的武士家族，数百年过去，刚硬顽强的性格仍在深深植根于这个家族的灵魂之中。最初的拘谨过后，健二渐渐融入这个热闹的大家庭。
在当时的世界，一个名为“OZ”的网络虚拟平台风靡全球，16亿人为之神魂颠倒。它拥有号称世上最安全的防御系统，但其登陆密码无意中被健二所破解。神秘黑客入侵OZ，虚拟网络和现实社会顿时陷入混乱。危急时刻，阵内一家重拾武士家族的责任与荣誉，与破坏者A.I.展开了紧张激烈的夏日大作战……