After the Dawn Rebellion, Char travels to Earth and meets a girl with mysterious powers named Lalah Sune.
Meanwhile, Amuro's father Tem Ray is working on the RX-78 development project. Learning of the defection of Doctor Minovsky, a key figure in Zeon mobile suit development, he heads for the moon. History's first battle between mobile suits unfolds in the twilight zone of the lunar surface.
Then comes Universal Century 0079. Side 3, the space city furthest from the Earth, launches a war of independence against the Earth Federation government under the name of the Principality of Zeon.
An era of violent upheaval begins, in which half of the total human population will be killed...

宇宙世紀0071年。サイド3ムンゾ自治共和国の議長だった父ジオン・ズム・ダイクンを亡くしたキャスバルとアルテイシアは、父の側近ジンバ・ラルと一緒にサイド3を脱出。地球で、エドワウ・マスとセイラ・マスと名前を変えて生活していた。一方サイド3はジオン自治共和国と国名を改め、副議長だったデギン・ソド・ザビ率いるザビ家が実権を掌握。ザビ家はキャスバルとアルテイシアを追いつつ、対地球連邦軍をにらみ、新兵器のモビルワーカーの開発に着手していた。

《机动战士高达 The Origin》系列第五作“鲁姆战役篇”主要聚焦的是夏亚成名之战鲁姆战役，夏亚在鲁姆战役开着自己的红色涂装专用扎古以三倍速度击沉了联邦军的五艘战舰，之后夏亚也就有了“赤色彗星”的称号。

宇宙世纪0074年。离开德克萨斯殖民卫星的爱德华‧玛斯以夏亚‧阿兹那布尔之名进入吉恩自治共和国的国防军官学校就学。夏亚与同班的扎比家公子卡尔玛成为深交。两人渐渐成为学员中不可忽视的重要人物。然后到了宇宙世纪0077年，一众学员为了争取独立与地球联邦军治安部队展开了武装起义。而那也是由夏亚描绘的盛大场景作为复仇之路的开端…… 此际，历史的齿轮即将启动！

《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。由于夏亚的机体无论是扎古、大魔，还是后来的沙扎比等都是红色的，夏亚操纵 这些机体风骚地驰骋在战场上，故被敌人称作“赤色彗星”。