成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

一个普通男人的秘密在他的辞职事件中开始显示出端倪。历史教授约翰奥德曼（David Lee Smith饰）说自己身上有一个让大家都匪夷所思的秘密，而为了保守这个秘密他不能在一个地方超过十年。他的朋友们试图去发掘他的故事中的秘密，这一举动让约翰非常生气，而他的朋友却发现约翰的故事是无法被否定也无法查证的，究竟约翰身上有着怎样的秘密？一幕幕碎片联系起来，带给我们一个意料之外的故事高潮。

马蒂（伍迪·哈里森 饰）和拉斯特（马修·麦康纳 饰）是一对合作多年的搭档，马蒂为人开朗圆滑，在警局的同事里很吃得开，而拉斯特则恰恰相反，他性格孤僻沉默寡言，沉浸在自己的世界中无法自拔。然而，令马蒂感到十分钦佩的是，拉斯特拥有极为敏锐强大的观察力、判断力和逻辑推理能力，许多疑难杂案一经他手，便能够被轻松化解。
尽管马蒂是唯一一个能够受得了拉斯特的人，但两人的合作和友谊却依然产生了无法弥补的裂缝，其原因要归结到1995年所发生的一起神秘古怪的宗教杀人案件之中。如今已经是2012年了，当早已不再联系的两人因为这起案件又重新走到一起之时，会有怎样的真相在等待着他们呢？

　　枢密主教为改善天主教予人的刻板印象，锐意改革，宣称在百年庆典时走进新泽西教堂大门即得豁免所有罪行。遭贬斥的死亡天使卢克（Matt Damon 饰）与守护天使巴特比（Ben Affleck 饰）认为可借此机会返回天堂。遂前往新泽西，沿路惩罚人类罪行大开杀戒。与此同时，天使长曼德川下界找到耶稣后人——堕胎医生贝瑟尼（Linda Fiorentino 饰），授意她阻止两名天使进入教堂，因为天使的行为会使上帝旨意自相矛盾引发世界毁灭。贝瑟尼在两名好色先知、黑人门徒以及缪斯（Salma Hayek 饰）的陪同下踏上拯救世界之旅。而地狱方面，恶魔艾兹瑞携三名仆从、屎魔等沿途设障，并控制上帝肉身以毁灭世界。一场决定世界命运的三界之战，在新泽西拉开了荒诞疯狂的帷幕……

亚茨拉斐尔（迈克尔·辛 Michael Sheen 饰）是守卫城门的天使，而克劳利（大卫·田纳特 David Tennant 说）则是堕落的恶魔。两人几千年来都一直隐姓埋名生活在人间，并且通过不断的尝试，在天堂和地狱之间建立了井水不犯河水的互惠互利的关系。
克劳利奉撒旦之命，将婴儿敌基督送到修道院，同美国外交官的新生儿做交换，当敌基督长到11岁时，就是世界末日来临之时。为了防止世界被毁灭，亚茨拉斐尔和克劳利决定通过影响这个孩子的善恶观念来避免世界的终结。在努力了11年之后，两人震惊的发现，他们竟然弄错了对象，而真正的敌基督此时生活在一个名为塔德菲尔德偏僻小镇中。

1945年，第二次世界大战接近尾声，作为邪恶轴心重要成员的日本，其嚣张态势已成强弩之末。是年，决定战局走向的冲绳岛战役拉开序幕，成千上万斗志昂扬的美国大兵被派往冲绳，等待他们的则是敌军重兵防守、凶险异常的钢锯岭。在这群人中间，却有一个不愿拿起武器的军医。他名叫戴斯蒙德·道斯（安德鲁·加菲尔德 Andrew Garfield 饰），来自美国的弗吉尼亚。太平洋爆发之际，瘦弱的戴斯蒙德志愿成为救死扶伤的军医而应征入伍。可因童年和家庭的原因，他始终不愿拿起枪支操练，为此宁愿背上拒服兵役的罪名被送上军事法庭。几经周折，戴斯蒙德最终和战友来到了钢锯岭。枪林弹雨，转瞬之间无数人应声倒地。在信仰和信念的支持下，戴斯蒙德仅凭一己之力拯救了数十条濒死的生命……
本片根据真人真事改编。

约翰·康斯坦丁（基努·里维斯饰）是个长得英俊潇洒，还有点超能力的侦探。听起来不怎么样，可实际上他的超能力可不是一般的--能够在天堂与地狱间任意游走的他顶多算是个介于神鬼之间的人形生物。 虽然天生能识别混在人类中的半魔半仙，平时工作也就有了着落--周游世界、调查各地发生的神秘事件，不过这个让人琢磨不透的男人实际上却从小为这种超能力所苦。算是以驱魔为生的康斯坦丁可是已经对人生毫无幻想了，整个一愤世嫉俗的青年。 日子就这么一天天过着，直到女警官安吉拉（蕾切尔·威兹饰）的出现。安吉拉完全是个不信鬼神的主，不过孪生妹妹十分蹊跷的死亡却让她手足无措。虽说不信邪，可为了调查明白妹妹的死因，安吉拉不得不向康斯坦丁这个行走在善恶边缘的古怪家伙求助。诡异的地狱之旅开始了，说不定他们顺便还能拯救拯救人类呢！

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。