在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……
本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

16世纪末的日本，明智光秀发动本能寺之变，杀害了离称霸天下只有一步之遥的织田信长，丰臣秀吉（奥田瑛二 饰）率兵打败光秀，继而建立丰臣政权，天下得到久违的和平。
15年后的和平年代，劫富济贫的大盗石川五右卫门（江口洋介 饰）名扬四海，备受穷苦老百姓的喜爱。盛典之夜，五右卫门潜入某富豪家中行窃，结果导致该富豪及其家人被五奉行之一的石田三成杀害。原来五右卫门顺手牵羊偷走了一个藏有惊天秘密的匣子，随后又将其扔掉。次日，得知昨夜详情的五右卫门来到贫民窟寻找匣子，与此同时，石田三成也派出忍者雾隐才藏（大泽隆夫 饰）追踪匣子的下落。连番激烈的搏斗旋即展开，而那个惹来腥风血雨的匣子究竟有隐藏着什么秘密呢？