第二季的故事将从上一季最后一集的情节拉开帷幕。
警视厅搜查一科“特别犯罪对策室”被迫解散，室长大泽绘里子（天海佑希 饰）引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎（竹野内丰 饰）的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织“黑月”的下一个狙击目标，而“黑月”重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。
木元真实（户田惠梨香 饰），片桐琢磨(玉山铁二 饰) ，花形一平(沟端淳平 饰) ， 山村启辅(温水洋一 饰) 和岩井善治(小林友治 饰) ，这一班乌合之众是否还能再次聚首，为绘里子和对策室效力？而野立这一次是否依然可以说服绘里子担任室长一职？

受野立信次郎（竹野内丰 饰）之托从国外回来的大泽绘里子（天海佑希 饰）成为警视厅搜查一课的特别犯罪对策组的boss，但编派到她手下的组员却形态各异，来自科学搜查研究所调来的嗜睡如命的木元真实（户田惠梨香 饰），从交通组调来的外冷内热刑警片桐，从派出所调来的活力小子花形一平 ，以及总是偷懒的来自反黑组的严井和人称“丢三落四先生”的山村巡查部长。
这样一班乌合之众放在一起，着实让大泽头痛，搜查一课对她的部门从没寄予厚望，只需要她应对媒体公关。但大泽却不愿成为被人摆布的木偶，面对这样一班下属与不断发生的案件，她将以身作则，让部下发挥个人特长破获案件。在另一面，八年前因为男人而离开警队的大泽，感情方面亦再次面临考验，这一次，她能否改变事业与感情的走向？

樱井广海（反町隆史 饰）曾是个成功的游泳运动员，且有望进军奥运会，却因为受伤不得不放弃运动生涯；铃木海都（竹野内丰 饰）曾是名企职员，且堪称业界精英，却因一次失误令公司蒙受损失。两个遭遇挫折的年轻人齐齐来到沙滩度假，入住同一家民宿。虽然都处在低潮期，但广海生性乐观，海都则内敛成熟，两人非常投缘，共同在海边的悠闲生活中找到大都市没有的淳朴和快乐，重拾对生活的信心。在民宿中，两人又结识了老板的孙女真琴（广末凉子 饰），三个年轻人，惺惺相惜的友谊，似有似无的爱情，终身难忘的回忆，不知不觉中，夏天就要结束了……

东京湾水隧轰然巨响、大水灌入，突发原因不明的崩塌事件。首相官邸召集阁僚开紧急会议，大多认为“原因是地震、海底火山”，看过网络目击影片的内阁官房副长官矢口兰堂（长谷川博己）指出海中可能栖息巨大生物，内阁总理大臣辅佐官赤坂秀树（竹野内丰）及周围的人对矢口意见皆付之一笑。其后，在海上巨大不明生物现身，惊慌失措的政府相关人员收集情报追踪之际，巨大生物登陆镰仓沿路破坏建物前进，日本政府因应设置紧急对策本部下达防卫出动命令，美国国务院则派遣总统特使加代子·安·派特森（石原聪美）关切，面临未曾有的威胁，不仅日本、世界也注视其动向。自卫队与称作“哥斯拉”的巨大生物在川崎市展开大决战，究竟人类是否抵御得了这远远超出所知的“完全生物”。