宇宙世纪（U.C.）0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家兄妹在经历一系列变故后自宇宙都市逃往地球。

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在迪亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动战士。

宇宙世纪0093年，成为新吉恩总帅的夏亚·阿兹纳布尔对依然被地球重力所束缚的人类灵魂感到绝望，决心以激烈的手段加以肃正。查知此事的地球联邦军王牌驾驶员阿姆罗·雷及其所属的朗德·贝尔舰队一起与夏亚所领导的新吉恩军展开最后的决战……

《机动战士高达 The Origin》系列第五作“鲁姆战役篇”主要聚焦的是夏亚成名之战鲁姆战役，夏亚在鲁姆战役开着自己的红色涂装专用扎古以三倍速度击沉了联邦军的五艘战舰，之后夏亚也就有了“赤色彗星”的称号。

在破晓起义(宇宙世纪0077年)事件发生之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。 推动RX-78开发项目，阿姆罗·雷的父亲 ─ 提姆·雷引导米诺夫斯基博士的背叛，以此为导火线，在宇宙世纪0078年，历史上第一场在月球表面的机动战士对战以悬殊的比数12:0，吉恩大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在宇宙世纪0079年1月3日正式向地球联邦宣战，开始一连串的袭击，动荡的时代开始，硝烟弥漫、烽火四起……。

宇宙世纪0074年。离开德克萨斯殖民卫星的爱德华‧玛斯以夏亚‧阿兹那布尔之名进入吉恩自治共和国的国防军官学校就学。夏亚与同班的扎比家公子卡尔玛成为深交。两人渐渐成为学员中不可忽视的重要人物。然后到了宇宙世纪0077年，一众学员为了争取独立与地球联邦军治安部队展开了武装起义。而那也是由夏亚描绘的盛大场景作为复仇之路的开端…… 此际，历史的齿轮即将启动！