哈利（丹尼尔·雷德克里夫）即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星（加里·奥德曼）越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。
新来的魔法老师卢平（大卫·休里斯）有着桀骜不驯的个性，与哈利关系很好，教了哈利许多实用的黑魔法防御知识。而此时在他的魔法地图上却出现了一个神秘人物，虫尾巴。偶然的机会下，在尖叫棚屋里集齐了哈利父亲当年的所有好友，卢平、虫尾巴、小天狼星，哈利的魔杖直指向小天狼星，但他发现那罪犯看他的眼神里充满了疼爱……

哈利波特（丹尼尔•雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利没有听从多比的劝告，回到了霍格沃兹。很快，霍格沃兹发生了一连窜怪事:接二连三出现学生被石化，一直找不出原因。而哈利总能听到一种奇怪的声音，从墙壁里传出来。
传说，霍格沃兹有一个密室，里面记录着伏地魔年轻时的秘密，只有斯莱特林的人才能打开密室。哈利偶然发现自己能听懂蛇说话，一时传闻是哈利打开了密室。难道多比所指的危险就隐藏在密室？

哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。
哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。
哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。

在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short 配音）重拾对马戏表演的信心。