哈利（丹尼尔·雷德克里夫）即将在霍格沃兹渡过第三个年头，此时在阿兹塔班却传出恶棍小天狼星（加里·奥德曼）越狱的消息。据说小天狼星正是背叛哈利父母的好友，他的教父，而这次小天狼星越狱似乎正是为了找他。哈利的心里悄悄的滋生了为父母报仇的想法，期待着小天狼星的出现。
新来的魔法老师卢平（大卫·休里斯）有着桀骜不驯的个性，与哈利关系很好，教了哈利许多实用的黑魔法防御知识。而此时在他的魔法地图上却出现了一个神秘人物，虫尾巴。偶然的机会下，在尖叫棚屋里集齐了哈利父亲当年的所有好友，卢平、虫尾巴、小天狼星，哈利的魔杖直指向小天狼星，但他发现那罪犯看他的眼神里充满了疼爱……

哈利波特（丹尼尔•雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）结束了假期，即将回到霍格沃兹继续学习魔法。一个叫多比的家养小精灵警告哈利不要回到霍格沃兹，否则会陷入极大的危险。哈利没有听从多比的劝告，回到了霍格沃兹。很快，霍格沃兹发生了一连窜怪事:接二连三出现学生被石化，一直找不出原因。而哈利总能听到一种奇怪的声音，从墙壁里传出来。
传说，霍格沃兹有一个密室，里面记录着伏地魔年轻时的秘密，只有斯莱特林的人才能打开密室。哈利偶然发现自己能听懂蛇说话，一时传闻是哈利打开了密室。难道多比所指的危险就隐藏在密室？

哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。
哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。
哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。

虽然纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）协助美国魔法部将邪恶的黑巫师格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）捉拿归案，但最终格林德沃还是逃脱了禁锢，他来到了法国巴黎，一是为了集结信徒掀起革命，二是为了寻找同样藏匿在这里的克雷登斯（埃兹拉·米勒 Ezra Miller 饰），寄生在克雷登斯身上的默默然是帮助格林德沃实现野心的不可或缺的道具。
格林德沃的潜逃在整个魔法世界里都掀起了轩然大波，一时间草木皆兵。邓布利多（裘德·洛 Jude Law 饰）秘密的找到了纽特，希望他能够前往巴黎，先格林德沃一步找到克雷登斯。和纽特一起踏上巴黎之旅的，是麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰），他此行的目的，是要找回先前因为吵架而来到巴黎投奔姐姐蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的恋人奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）。

故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。