恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了保护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求盗取发电厂管理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的秘密与阴谋。

扣人心弦的《血色星期二》第二部再次席卷而来。天才黑客高木藤丸（三浦春马 饰）这次又会遇到什么棘手的问题呢？
第一部的最后，藤丸和其朋友力挽狂澜地阻止了病毒危机。而这次他们面临的则是更加令人恐怖的核弹恐怖计划。在病毒危机结束后两年，受其影响的藤丸决定再也不碰电脑，可是他还是不能组织自己和朋友九条音弥（佐藤健 饰）、高木遥（川岛海荷 饰）被卷入到新的计划当中。载有核弹的飞机正在一点点向东京逼近，而东京的群众却毫不知情，为了避免东京遭受到核弹的重创，藤丸和音弥不得不继续开始奋战。而他们所面对的除了老对手折原玛雅（吉濑美智子 饰）和神崎润（成宫宽贵 饰）外，还有许多新人。而结果究竟如何呢？

东都综合医院为一位疑难病症患者投放新型药物，仅仅三天后该患者突发心肌梗塞身亡。患者遗孀中原纱弥加（吉濑美智子 饰）悲痛交加，她认为丈夫死于医疗事故，因此拜托“敲诈律师”九条和马（大森南朋 饰）对医院提起指控。因盲肠炎住院治疗的古美门研介（堺雅人 饰）刚好是该医院的顾问律师，他三下五除二赶走了九条。谁知九条一改当初的敲诈作风，而是煞有其事地将东都综合医院正式告上法庭。随着庭审的进行，医护人员涉嫌隐藏新药的致死副作用以及院长赤目义和专横跋扈、糜烂堕落的生活作风接连被曝了出来。
终于开始认真应战的古美门律师以及在法律和道义两端摇摆不定的黛真知子（新垣结衣 饰），在一波三折中奔向庭审的终点线……