原始人咕噜一家六口在老爸Grug（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）的庇护下生活。每天抢夺鸵鸟蛋为食，躲避野兽的追击，每晚听老爸叙述同一个故事，在山洞里过着一成不变的生活。大女儿Eep（艾玛·斯通 Emma Stone 配音）是一个和老爸性格截然相反的充满好奇心的女孩，她不满足一辈子留在这个小山洞里，一心想要追逐山洞外面的新奇世界。
没想到世界末日突然降临，山洞被毁，一家人被迫离开家园，展开一场全新的旅程。离开了居住了“一辈子”的山洞，展现在他们眼前的是一个崭新绚丽却又充满危险的新世界，到处都是食人的花草和叫不出名字的奇异鸟兽，一家人遇到了全所未有的危机。在旅途中，他们还遇到了游牧部落族人Guy（瑞恩·雷诺兹 Ryan Reynolds 配音），他有着超凡的创造力和革新思想，帮助咕噜一家躲过了重重困难，途中他还发明了很多“高科技”产品，并让他们知道了原来生活需要“用脑子”，走路需要“鞋子”等等。一行人在影片中展开了一场闹腾而又惊险的旅程。

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。

在大洋深处的南礁，以大白鲨里诺（罗伯特•德•尼罗 Robert De Niro 饰）为首的鲨鱼黑帮横行霸道，不可一世，其他鱼类对他们又恨又怕，时刻希望有人（鱼？）出来主持公道，消灭这群恶棍。里诺虽然邪恶，不过却格外疼爱他的儿子弗兰奇（Michael Imperioli 配音）和兰尼（杰克•布莱克 Jack Black 配音）。与凶暴的父亲和哥哥不同，兰尼心地善良，平易近鱼，甚至还是个素食主义者。
吊儿郎当的清洗店小职员奥斯卡（威尔•史密斯 Will Smith 饰）欠下老板钱财，债台高筑。被五花大绑的他遭到弗兰奇的追杀，而弗兰奇却被突然出现的铁锚砸死。喜好吹牛的奥斯卡因此宣称弗兰奇死于他之手，他还间接和兰尼成为朋友。然而，这却引起鲨鱼黑帮的愤怒……

延续了第一部的风格，继续对经典童话进行善意的颠覆。
史莱克和费奥娜公主度完浪漫的蜜月后，回到沼泽地。受费奥娜的父母哈沃尔德国王和莉莲王后的邀请，怪物夫妻带着他们的驴子，浩浩荡荡赶往“遥远国”。
国王和皇后见到分别多日的女儿和乘龙快婿，惊喜变成惊吓，灾难似乎也从此开始。
公主从前的仙女教母，很早前就曾叫自己的儿子“魅力王子”去城堡里屠龙救美，可惜让史莱克抢先了一步，她找到了童话中鼎鼎大名的怪物杀手穿靴子的猫，准备抢回自己心目中的媳妇。

史莱克生活在平凡的世界中——他本身是一个其貌不扬的怪物，绿色的身体，古怪的脾气，不爱干净的懒散生活。这天他家里来了几个不速之客，他们告诉史莱克，自己来自一个残暴国王统治下的王国，现在已经无家可归了。而且，那个残暴的国王还掠夺了一个美丽非凡的公主，打算强占为妻。
史莱克虽说丑陋，却心内善良。在领主的威逼下，无奈下他只能前去搭救公主，同时心想一睹公主芳容。路上，他遇到了一个话痨骡子，骡子知道了史莱克的事迹，决定忠心耿耿为之效劳。
前路有喷火恶龙等着和他们搏斗呢，他们能不能闯过难关，上演完美的英雄救美童话？