一场风流案件，导致性感妇人铃子（竹内結子 饰）死亡，他的丈夫矢部五郎（KAN 饰）作为杀人凶手遭到指控。菜鸟律师宝生绘美（深津絵里 饰）受命担任五郎的辩护律师，五郎提供的不在场证明竟是案发当夜被鬼压。虽然匪夷所思，宝生还是独自前往那座诡异的山庄，结果真的见到了压了五郎的武士幽灵——后北条氏家臣更科六兵卫（西田敏行 饰）。六兵卫生前忠心耿耿，却被诬陷勾结敌人而遭斩首。因为对五郎的遭遇深有同感，六兵卫同意和宝生出庭作证。为了让那个别人完全看不到的幽灵到场，宝生真是绞尽脑汁，煞费苦心。在她的努力下，史无前例的幽灵庭审拉开序幕……

午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……
《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。