中情局获得情报，得知他们的特工中出了一个叛徒，准备将中情局布置在东欧的特工名单出卖给外国特工组织。在特工头目吉姆（乔恩•沃伊特 Jon Voight 饰）的策划下，伊森（汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰）所住的一组特工赶往了他们交易的地点。
岂料，当他们按计划赶到 时，却中了埋伏，一组人中除了伊森和吉姆的妻子克莱尔，其他队员都被杀害。这时，伊森的账户无端端多出了12万美金。伊森成了内鬼的最大的嫌疑犯。
无奈之下，伊森只能凭个人之力独闯龙潭虎穴去找出出卖他们的内奸。他和外国间谍组织的接头人麦克斯取得联系后，答应帮麦克斯偷出中情局的间谍名单以交换中情局内鬼的名字。

失去了心爱的女人，杰森·伯恩（马特·戴蒙 饰）面临更为艰难的日子，他努力回忆，却只能在睡梦中被脑海里一知半解的闪回所惊醒，依然无法记起自己的身份。
但是伯恩注定不是平凡人，不等他冷静下来好好“找回”自己真正的身份，中情局派出的杀手又接踵而至。在接连的几次较量之后，伯恩终于被彻底激怒，决定反戈一击——他主动追击杀手，到过莫斯科、马德里。巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留。
随着问题一个一个解决，杰森回到了纽约，在那里，他将会找到一切的答案，寻回自己的身份。

经历过腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽也在逃亡途中被杀。
为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇。

杰森·伯恩（马特·达蒙 饰）在意大利被人从海上救起，他失去了记忆，除了臀部的瑞士银行帐号之外，他完全没有办法证明自己的身份。
杰森从瑞士银行找到了大量的现金，六本护照，一把枪，同时他发现自己格斗、枪械、和语言等方面的能力，他开始追查自己的身份，并且把陌生女子玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）也卷了进来。两人从瑞士到巴黎，一路上受到神秘杀手组织的追杀，危机重重。
杰森能否化险为夷，找到自己的真实身份？他是否有勇气面对真相？