突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

古色古香的京都，奇妙的恋爱之旅正在展开。春天，黑发少女踏上寻找伪电气白兰地的夜之旅，学长却被从天而降的锦鲤砸晕；夏天，少女在旧书市寻找心爱的童年绘本，学长则面临残酷的火锅地狱；秋天，身背红鲤鱼的少女化身不倒翁公主，与拼死出演顽固王的学长相遇在学园祭的舞台；冬天，手持梦幻感冒药的少女打倒感冒之神，与学长一起向京都的天空飞去……

为了拯救危难中的村民，阿斯达卡的右手中了凶煞神的诅咒。达卡只好离开亲人往西方流浪以寻找解除诅咒的方法。旅途中他遇到了由幻姬大人带领的穷苦村民在麒麟兽的森林里开采铁矿，提炼矿石。 白狼神莫娜和她养大的人类女孩“幽灵公主”桑对幻姬恨之入骨，因为她们觉得幻姬带领众人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深吸引，他理解她，但为了帮助穷人又不得不和她作战。一次战斗中，阿斯达卡被麒麟兽所救，他的立场更加摇摆不定。 这时，以疙瘩和尚为首的一群人来杀麒麟兽，幻姬以火枪击毙了麒麟，麒麟的头被疙瘩和尚抢走。愤怒的麒麟的灵魂为夺回自己的头，大肆破坏着森林。阿斯达卡和桑联手决定帮麒麟夺回头颅。

11岁的小学6年级女孩宫浦桃子（美山加恋 配音）在父亲意外去世后，随母亲郁子（优香 配音）从东京迁到了濑户内海的汐岛。忙碌的母亲无暇顾及桃子，令桃子在新环境中时常感到孤单无助。桃子一直保留着父亲只写下了“给桃子”这样开头的一封信，但是始终无法明白父亲想要通过信件传达给她的话 。 初到汐岛，桃子打开了阁楼里一个装着描绘妖怪画册的旧盒子，从此开始察觉到身边一连串不可思议的事情。“汐岛上一定存在着什么东西”，怀抱着这样想法的桃子，在汐岛奇异而热闹的夏天里邂逅到的竟会是……？
本片由日本知名动画公司Production I.G制作，是《人狼》导演沖浦啓之睽违多年的温馨治愈之作。