高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……

外星异族降临地球后，人类成了“二等公民”。三个曾反抗外星人失败的伙伴，如今时过境迁境遇各不相同：坂田银时（小栗旬 饰）整日晃晃悠悠没正经、成立了什么业务都接的“万事屋”；桂小太郎（冈田将生 饰）继续组织着反抗异族的力量、延续对抗；高杉晋助（堂本刚 饰）则变成了憎恨世界的人，为毁灭一切不择手段；一把意外出现的妖刀“红樱”杀人事件，把曾经一起战斗的三个伙伴重新串联在一起……

2010年8月15日凌晨，寂静的东京站月台突然驶来一列老旧的列车。车上载满二战期间战死在南太平洋的日军亡灵，借着终战周年纪念日之际，他们得以重返故土，在短短的几小时内见证祖国65年来的沧桑巨变。他们有的来到靖国神社前，见到当年的伙伴，又因政客的畏缩而愤慨；有的寻找年轻时的画作，竭力探寻昔日爱人的影子；有的重返家中，和业已失明的妻子奏响久违的协奏曲；有的则见到一曾美丽而如今奄奄一息的妹妹，更见证着外甥的堕落与无情。他们曾为了祖国的荣誉奔赴战场，而如今心中思绪万千……
本片根据已故作家棟田博1955年发表的短篇小说《来自塞班岛的列车（サイパンから来た列車）》改编。

内山枫在学校经常被欺负，大家丢了自行车，丢了伞都怪她。还被恶意的嘲讽、羞辱。每次难过的时候她就冲上天台，想打开天台的门跳下去一死了之。然而天台的门锁很难打开，于是当她遇见会开锁的男生时便求他帮忙。可是他却说：我可以教你如何开锁，但是我不帮你开。学校调来了新的代课老师大内。大家都风传她少年时代也是被欺负的学生，所以从天台掉下来摔断了腿，于是她对内山的关怀就被认为是同病相怜的偏心。然而真相却恰好相反，而内山的痛苦也终于在某天迎来了爆发。

夜晚的纽约，当地警方联手日本警察正在秘密追踪一起跨国毒品犯罪活动。作为纽约警方这次行动负责人的是日本籍刑警高仓奏（小栗旬 饰），与来自日本警视厅的刑警工藤丸尾（水岛宏 饰）共同合作，最终案件未能捕获组织头目，但在现场发现了一位失忆的日本女性松永由岐（吉高由里子 饰），奏认为由岐是案件的关键人物，因此将其带回日本保护起来。
不久，奏调职到日本警视厅，和丸尾组成搭档继续追查。二人性格南辕北辙，一个冷静严肃，一个油嘴滑舌，起初互相不满各自的行事风格。而被保护起来的由岐也烦闷不已，失忆的她偶有片段闪过大脑，但仍然回忆不起关键事情。奏极其关心案件进展除了警察的身份还有他同为警察的父亲的死与案件头目有关。而他所掌握的关于组织的事只有那个神秘的蜜蜂图章，究竟案件会走向何方，事情的真相又是什么……

铃木财团最新的高级酒店落成，小兰（黑川智花 饰）、阿笠博士（田山凉成 饰）、柯南（藤崎直 饰；高山南 配音）、灰原哀（柴田幸花 饰；林原惠美 配音）受到园子（岩佐真悠子 饰）的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时，“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开，可就在此前不久，针对日本小姐获奖者寿可怜（奈都纪 饰）的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻，可怜突然失踪，当她再次出现在众人面前时，却已被杀害，以提线木偶般的恐怖形象登场。
诡异的是，柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一（小栗旬 饰）和宫野志保（香椎由宇 饰）的本尊形象。他们一面要追查杀害可怜的真正凶手，一面要准备与躲在暗处的黑暗组织展开对决……

樱咲学园是一所寄宿制男子高中，众帅哥汇聚于此，引得少女们的疯狂追逐。某日，学校里来了位美国来的转学生——芦屋瑞稀（堀北真希饰），可是谁也不知道这个“他”竟然是女扮男装！
其实瑞稀千里迢迢从美国而来全是为了一个人：佐野泉（小栗旬饰）。佐野曾经救过瑞稀，但是却意外受伤，后来还放弃了跳高事业，整个人充满了颓废气息。内疚的瑞稀就是回来“拯救”佐野的。
在帮助佐野重拾跳高的过程中，瑞稀还结识了许多好朋友：可爱率真的秀一（生田斗真饰）、花心风流的难波南（水嶋ヒロ饰）、充满神秘气息的萱岛大树（山本裕典饰）等等。瑞稀和他们共同谱写了一曲最美妙的青春乐章。