经过修复和重新剪辑的终极版《东邪西毒》。片子取材于金庸的武侠神作《射雕英雄传》，但故事的主线变成了原著中不受人待见的欧阳锋（张国荣 饰）。欧阳锋因为昔日恋人（张曼玉 饰）赌气嫁给兄长而离开家乡白驼山，来到大漠中开了一家专门介绍杀手的酒舍。在沙漠的自我放逐中他重逢了好友黄药师（梁家辉 饰），遇见了精分的慕容嫣（林青霞 饰），深情的想念妻子桃花（刘嘉玲 饰）却不想相见的夕阳武士（梁朝伟 饰），倔强的复仇孤女（杨采妮 饰），初来闯荡江湖的不穿鞋的洪七（张学友 饰）。在经历了他人的生死、感情纠葛之后，欧阳锋得知了恋人的死讯，一切得到释然后他烧毁了酒舍，离开了沙漠……
修复版和94年版在画面、时长、配乐、标题、对白、镜头上都略有不同。

黎耀辉（梁朝伟）与何宝荣（张国荣）是一对同性恋人，为了有新的开始，他们怀着美丽的梦想（去看南美洲大瀑布）离开香港来到阿根廷，却在布宜诺斯艾利斯迷了路。黎耀辉想安下心来过日子，无奈何宝荣于夜夜笙歌中放纵着自己的生命，以期找寻更多的刺激，只当黎耀辉是他受伤后的港湾，两人分歧 、争吵越来越多，心的距离越来越远。
黎耀辉明白过去的日子不可能再复返时，决定离开何宝荣，而正是在他离开后，绝望的意味（对黎耀辉的爱）才在何宝荣的脑海中完整地浮现。

段小楼（张丰毅 饰）与程蝶衣（张国荣 饰）是打小儿一起长大的师兄弟，两人一个演净，一个饰旦，配合天衣无缝，一出《霸王别姬》更是誉满京城。为此，两人约定合演一辈子《霸王别姬》。但两人对戏剧与人生关系的理解有着本质的不同，段小楼深知戏非人生，程蝶衣则是人戏不分。
段小楼在认为该成家立业之时迎娶了名妓菊仙（巩俐 饰），程蝶衣认定菊仙是勾引了段小楼，使段小楼做了叛徒。自此，三人围绕一出《霸王别姬》生出的爱恨情仇随着时代风云的变迁不断升级，终酿成悲剧。