寒假里，直子（岸本加世子饰）和女儿藻奈美（広末涼子饰）去外地探望外公途中，长途客运车发生意外坠入山崖，直子不幸死去，藻奈美奇迹般地得救。醒来的藻奈美对着父亲（小林薰饰）却直呼其名，说自己是直子。
自藻奈美的口中准确说出第一次约会的时间地点，甚至是2人做爱时的情景，平介不得不相信这真的是灵魂附体，可是接下来的生活该怎么过？面对“妻子-女儿”的双重身份，平介感到无所适从：一方面，两人再也无法过正常的夫妻生活，另一方面，直子似乎很乐意通过女儿的身份来体验校园生活，甚至包括恋爱。这让平介非常地不安。两人的相处渐渐成为一种折磨。

由于乐队解散，大提琴手小林大悟（本木雅弘饰）就此失业。他和妻子美香（广末凉子饰）一起离开东京回到了老家山形县。然而即使在山形，没有实用一技之长的大悟还是很难找到工作。 “年龄不限，高薪保证，实际劳动时间极短。诚聘旅程助理。”一张条件惹眼的招聘广告吸引了大悟，不料当他拿着广告兴冲冲跑到NK事务所应征时却得知——“啊，那个是误导，我们要找人给去那个世界的人当助理。”事务所老板佐佐木（山崎努饰）向大悟说明了工作性质，所谓的“旅程助理”其实就是入殓师，负责将遗体放入棺木并为之化妆。 大悟踌躇良久，但还是接受了这份工作。他含糊其辞地对美香说自己当的是婚葬仪式助理，让她误以为是婚礼助理。 人妖青年、舍下幼女去世的母亲、带着无数吻痕寿终正寝的老爷爷，在各式各样的死别中，大悟渐渐喜欢上了入殓师这份工作。然而美香知道真相后，和他吵了起来……

平安时代，百鬼夜行，封鬼仪式正在右大臣藤原安麻吕府邸进行。安麻吕之女日美子（深田恭子 饰）戎装登场，一箭命中靶心，引来全场惊叹。这位被喻为“连鬼都不敢接近”的公主，却令源博雅（伊藤英明 饰）暗自倾心。天现异象，京都骚动，魍魉横行。平安京已有四人遇害，民间出现驱鬼术士幻角（中井贵一 饰），日美子亦在异象后开始梦游。博雅为此替右大臣来请安倍晴明（野村万斋 饰）商谈。与此同时，宫廷供奉的出云三神器之一草薙剑也出现了异动。晴明受天皇所托，与博雅开始调查种种异况背后出云与大和的隐秘渊源。
博雅和夜弹琵琶的神秘少年须佐（市原隼人 饰）相识为乐友，须佐负伤被日美子所救，三人在右大臣府邸相逢。同一时刻，右大臣主动找到晴明，坦白了十八年前天现异象时，大和攻打出云的事实……
本片为电影《阴阳师》续作。