青梅竹马的好友莎夏和马库斯闹翻了，并且 15 年都没说过话。莎夏成为了洛杉矶的名厨，回到家乡旧金山开了一家餐厅，就在这里，她遇到了老朋友 — 一位快乐、知足的音乐家，他一直与父母同住并为父亲打工。尽管两人都不情愿和好，但他们很快就发现彼此之间还存在旧的火花，或许还擦出了一些新火花。

两位来自不丹的高僧千里迢迢来到西雅图，寻找他们一位先师的转世灵童，他们找到了九岁的小男孩杰西（阿历克斯·文森丹吉 Alex Wiesendange 饰），希望带他回寺庙接受验证。杰西的父母答应带儿子远赴不丹，在和喇嘛的相处中，他们断断续续讲述了一个引人入胜的故事，从佛祖释迦牟尼还是迦毗罗卫国太子悉达多（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）的时候开始说起，他如何一路看尽万众苦难，最终舍弃太子身份和富贵生活，修行得道成佛的经过。从西方到东方，从一个故事到另一个故事，九岁的杰克人生也就此发生改变……

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

退休炸弹专家佩恩（丹尼斯•霍珀 Dennis Hopper 饰）因不满政府的退休政策，产生了报复社会的念头。他先是在电梯里安装炸弹，劫持人质勒索100万美元赎金，但被特警杰克（基努•李维斯 Keanu Reeves 饰）拆除了炸弹，救出了人质。佩恩趁乱逃脱。
一计不成，佩恩并没有放弃，他继续他疯狂的计划。这次他炸毁了一辆公车，并在另一辆公车上安装了炸弹，只要该公车的时速超过了50英里就不能再减速，否则就会引起爆炸。当杰克赶上这辆公车时，公车已经满载乘客行驶在高速公路上，时速也早已过了50英里。
杰克是俗称的“胆生毛”，他冒险上了公车，和佩恩之间的生死时速开始了。

约翰·康斯坦丁（基努·里维斯饰）是个长得英俊潇洒，还有点超能力的侦探。听起来不怎么样，可实际上他的超能力可不是一般的--能够在天堂与地狱间任意游走的他顶多算是个介于神鬼之间的人形生物。 虽然天生能识别混在人类中的半魔半仙，平时工作也就有了着落--周游世界、调查各地发生的神秘事件，不过这个让人琢磨不透的男人实际上却从小为这种超能力所苦。算是以驱魔为生的康斯坦丁可是已经对人生毫无幻想了，整个一愤世嫉俗的青年。 日子就这么一天天过着，直到女警官安吉拉（蕾切尔·威兹饰）的出现。安吉拉完全是个不信鬼神的主，不过孪生妹妹十分蹊跷的死亡却让她手足无措。虽说不信邪，可为了调查明白妹妹的死因，安吉拉不得不向康斯坦丁这个行走在善恶边缘的古怪家伙求助。诡异的地狱之旅开始了，说不定他们顺便还能拯救拯救人类呢！