「Z」是一家商业生化计算机公司的硬件产物，为剧中所谓的「第六世代计算机」，它比拥有 A.I.人工智能的「第五世代计算机」等级还要高，原因即是不仅拥有基本的A.I.人工智能，同时还可以自我学习而进化。但由于这家商业生化计算机公司会设计制造出这种计算机，并不因为该公司拥有造福人群的伟大情操，商业的最终目的还是在于军事用途上，所以背着厚生省（卫生署）暗自将这种新世代计算机改装成专门照顾无自我能力的老人病床，藉此测试计算机的自我进化功能。

　　1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金田的职业高中学生。
　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到，将那位矮个男子与铁雄一起收押。
　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。