独裁国家统治者——西亚古共和国将军卡路玛，在国家解体之际之时准备前往日本政治避难，在此期间他发表了制造恐怖活动的声明。多年过去，卡路玛麾下以卡盖鲁大佐等为首的一群身上文有“梵”字的特工接连自杀。而在他们死之前，几乎每个人都留下了绰号为“傀儡师”的黑客即将到来的讯息。近两年不断壮大的公安九课受命调查此事，经过户草和巴特的层层追查，发现少佐也涉足其中。而随着调查的深入，近年多起诱拐案件、逐渐凸现的贵腐老人现象甚至日本一些重要部门也都与傀儡师的案件有关。揭去重重迷雾，骇然的真相慢慢浮出水面……
本片根据士郎正宗的同名原著改编。

二战后的十数年，日本从战败的阴影中逐渐走出，进入了经济高度增长的时代。然而强硬的经济政策也导致失业率的不断攀升，各种反政府武装势力不断抬头，安定的社会治安荡然无存。为了应对这一难题，政府建立了拥有高度自主权的首都圈治安警察机构，通过精良的装备和果断的武力来打击以“党派”为首的反政府组织。随着经济不断发展，崇尚暴力的首都圈警察和“党派”逐渐遭到民众的厌弃和孤立。
在一次激烈血腥的交战中，隶属“党派”的少女阿川引爆炸弹自杀，目睹这一幕的首都圈警察成员伏一贵心灵受到前所未有的冲击。这一刻起，他的人生悄悄发生转变……
本片荣获2000年每日电影最佳动画片奖、1999年葡萄牙国际奇幻电影节最佳动画片奖和评委会奖。

20世纪末，为对抗越来越恶化的都市犯罪，警视厅成立了特捜班，他们装备有特殊强化服和重机枪，被称为“Kerberos”，有效地遏制了犯罪的滋生。然而特捜班的越权捜査活动招来了很多非难，要求将其解体的呼声越来越高。终于在1995年，警视厅下令特捜班强制解除武装，而有一部分队员拒绝服从命令，于是发生了后来被称为“Kerberos骚乱”的事件，当局猛烈弹压，将事变者全部逮捕，终结了这一事件。事件中残存的3名队员都都目红一、鹫尾绿和鸟部苍一郎力抗追兵，结果绿和苍一郎不幸重伤且弹药用尽，只剩红一一人携强化服逃往国外。3年后，红一潜回日本找寻绿和苍一郎，却被公安长官室户文明盯上，由此展开一场猫捉老鼠的游戏……