月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。
崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

十年前，人类为自己的愚蠢付出惨痛代价，凶险致命的猿流感病毒蔓延全球，世界毁灭殆尽。而在毗邻旧金山的原始丛林，凯撒（安迪·瑟金斯 饰）带领猿族伙伴们建立起无忧无虑的王国，直到某一天，猿族的家园的宁静再度被人类打破。在旧城苟延残喘的人类面临能源危机，他们试图利用森林腹地大坝的发电站提供能源。青年科学家马尔科姆（杰森·克拉科 饰）试图说服聚集地负责人德里弗斯（加里·奥德曼 饰），希望通过和平手段取得猿族部落的信任和同意。然而凯撒的好盟友科巴（托比·凯贝尔 饰）却无法摒除对人类的憎恨，他尝试着挑战者凯撒的权威。
人类和猿族，双方小心翼翼试探，而战争在所难免……