经过长时间的飞行，蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪，然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后，证实了她的想法：异形来了。

夜总会女二流歌手迪劳丽丝（胡比•戈德堡）因意外目睹一桩谋杀被黑帮头目追杀，为逃脱杀手追击，她求助于警方，警方为保护她这个现场证人，安排她躲进世界上最安全的地方——一所修女院。
修女院沉寂冷清的生活令一向好动的迪劳丽丝难以忍受，遂晚上趁人不备跑出去唱歌跳舞，院长（玛吉·史密斯）担心她出事，将她安排到唱诗班里，她又嫌唱诗班异常糟糕，决定动手改造，于是在做弥撒时，唱诗班高唱起流行歌曲，不过歌词改成了赞美天主，谁想，此举竟受到教友的热烈欢迎，并引来教宗的专程前来欣赏。如此好玩的新闻，电视台岂肯放过？可是电视上一曝光，迪劳丽丝也被宣告要再次逃命。

又一年圣诞节来临，上集因被遗忘在家而没有去成圣诞旅游的凯文（麦考利·卡尔金 Macaulay Culkin 饰）今年和家人准备到佛罗里达去享受他们的圣诞假期。粗心的爸爸妈妈这次当然不会再忘记带上凯文，但他们丢三落四的性格没有改变。眼看飞机准备起飞了，一家子才急冲冲的赶到机场。这次凯文没被忘在家里，却在登记时被忘在了机场，阴差阳错的登上了飞往纽约的航班！第一次来到这个完全陌生的大城市，聪明捣蛋的凯文也不禁暗暗害怕。更糟糕的是，他竟然遇上了上一集在他家里被他修理得很惨的那两个笨贼。两人刚刚越狱出来，碰上了凯文，这次自然要一雪前耻。于是，凯文的战场从上一集的家里搬到了纽约的中央公园酒店和玩具反斗城！