约翰·康斯坦丁（基努·里维斯饰）是个长得英俊潇洒，还有点超能力的侦探。听起来不怎么样，可实际上他的超能力可不是一般的--能够在天堂与地狱间任意游走的他顶多算是个介于神鬼之间的人形生物。 虽然天生能识别混在人类中的半魔半仙，平时工作也就有了着落--周游世界、调查各地发生的神秘事件，不过这个让人琢磨不透的男人实际上却从小为这种超能力所苦。算是以驱魔为生的康斯坦丁可是已经对人生毫无幻想了，整个一愤世嫉俗的青年。 日子就这么一天天过着，直到女警官安吉拉（蕾切尔·威兹饰）的出现。安吉拉完全是个不信鬼神的主，不过孪生妹妹十分蹊跷的死亡却让她手足无措。虽说不信邪，可为了调查明白妹妹的死因，安吉拉不得不向康斯坦丁这个行走在善恶边缘的古怪家伙求助。诡异的地狱之旅开始了，说不定他们顺便还能拯救拯救人类呢！

一个从银河系某个星球出发的飞碟向地球无限靠近，最后选择在美国纽约着陆。面对这样一个看似不友好的天外来客，美国警方给出了强烈的回应和攻击。其实来自外星球的智慧生命克拉图踏上地球并非有入侵的妄念，而是带着警示来告知人类－－如果再有“挑衅”之举，践踏和平，地球将惨遭灭亡。随他一同到地球“造访”的还有一个具有超级强悍的机器人戈特，他具有的超级能量能将人类轻易“放倒”。
着陆后，这两个天外来客被警方带到了一个地方进行盘问，警方不友好的行为使得克拉图最终自己从这里逃走。通过与人类的交流和沟通，克拉图开始学习关于地球和人类的诸多知识，也让他对这个人类栖居之地有了了解。一个偶然的机会，克拉图遇到了海伦·班森和她的儿子波比，并在这母子俩的带领下开始了他的纽约之旅。克拉图最终在在林肯纪念堂前驻足，因为他看到了林肯在很久以前发表的文字，而他知道这将是拯救地球的希望。
当母子俩开始对克拉图产生怀疑时，克拉图直言不讳地告诉了自己和戈特此行的目的。原来戈特是银河系超级机器人执法小组的成员，他们以捍卫宇宙和平为己任。他们认为人类对宇宙的和平危机越来越深重，因此有必要对地球进行摧毁。
较量开始了，克拉图在林肯纪念堂前看到的那一段文字“Klaatu barada nikto”果真是解救人类的密码吗？这场地球毁灭战会打响吗？地球真的会惨遭灭绝？谁将会是最后的救世主？

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。