舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。

炎热的夏天又到了，观众们则迎来了活力四射、清凉十足的运动番《Free!》第二季！五位游泳部的伙伴，再次带着分外瞩目的肌肉线条，展开了关于游泳和友情的青春故事。
在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。
与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？