剧情改编自记述1867年罗妹号事件及南岬之盟的历史小说《傀儡花》。故事背景起点在当年3月，美国商船罗妹号（Rover）在台湾南部恒春半岛的琅峤地区（今恒春镇）遭遇暴风而触礁搁浅海边。船上13人上岸求生时因误闯原住民族斯卡罗酋邦的领地，被当地原住民误认为侵略者而被杀害，史称“罗妹号事件”。当时的斯卡罗人、排湾族人会攻击擅闯领域的洋人，宣称是龟仔甪社的祖先曾经在百年前遭洋人入侵，几乎被灭社，为了保护部落并为祖先报仇，才将误闯地盘的洋人出草猎首。

事件一触即发引发震荡，美国任命其驻厦门领事李仙得来台调查，大清对此事虚以委蛇欲盖弥彰意图将此事掩盖过去。对此美国决定自己发动福尔摩沙远征，派出两艘海军军舰出兵攻打原住民部落。然而拥有较为先进武器的美军因不谙险恶地形而遭原住民伏击得手，带队军官反遭原住民狙击战死。美军受挫后决定撤退等待增援，但美国政府强硬表明决不善甘罢休。而清廷见到美国政府态度才惊觉事态严重，即派台湾总兵刘明灯率兵士500人协助前来调查的美英两国人员。

种族交织、山头林立的恒春半岛，风起云涌。包括山区卑南族、排湾族的斯卡罗酋邦、平埔马卡道族和土生仔的社寮部落、因土地开垦而移垦的闽、客汉人聚落。事发前，各方族群关系已不睦，为了生存，闽、客、原住民之间长期交锋，常常发生利益冲突。而这起事件的风波，加上外来势力的威胁，使得闽、客、原住民之间长年的恩怨积累爆发，导致更多种族纷争。

斯卡罗酋长大股头卓杞笃，以智慧化解纷争，整合在地各族群力量。最后，由美国领事李仙得，与卓杞笃双方达成共识，以书面纪录为非正式的谅解备忘录，史称“南岬之盟”，纷争始告一段落。

剧集交织历史人物和虚构角色，呈现罗发号事件事件及其衍生事件，涉入其中的族群有原住民排湾族、卑南族、马卡道族、土生人（原汉混血）；汉人有闽南人、客家人、清朝官员，西方国家有英、美、法裔人。剧集描绘台湾原住民族、汉人，与西方国家势力，多个族群间的冲突与发展，也刻划出台湾族群融合的深刻过程。

黄雨萱永远记得，当王诠胜第一次跟她告白，跟她说他喜欢她，要她当他女朋友的时候，黄雨萱反问了他一个问题，为什么他会喜欢她。那时的王诠胜，就只是带着一切该是如此的笃定微笑，回答她了一句“因为打从我第一眼看到你的时候，我就知道，我喜欢你…”
黄雨萱记得很清楚，那一天，是2011年的夏末，她升上大学二年级的第一天，那一年的她和他，都是十九岁。
陈韵如永远记得，当李子维第一次跟她开口说话的时候，她坐在唱片行的柜台后，一边顾店，一边准备明年的大学联考，随着旋律，一个人默默地读著书。那一天店内，正在播放的歌曲，是伍佰在1996年所出的专辑爱情的尽头里的第六首歌 "LAST DANCE"。 陈韵如记得很清楚，那一天，是1998年的夏天，她的最后一个高中暑假，那一年的她和他，17岁。
2019年的现在，因为走不出王诠胜离开的思念，黄雨萱试图用一款可以找到世界上另一个自己的APP软件，找到另一个与王诠胜相似的男人，不料在照片中，却看到了另一个长得与自己非常相似的陈韵如…
1998年的过去，陈韵如从昏迷中醒来，在她昏迷的这几天，她做了一个好长好长的梦，梦里的她，名字叫做黄雨萱…