康独自一人住在大房子里，Non住在镇上的一间小公寓里。 他们见面，然后分开，他们的日子像往常一样流逝。

蔡明亮在1999年去了吉隆坡，当时马来西亚爆发首相安华的丑闻事件，安华定罪入监，在当地社会引起极大的回响。同时间，大量外籍劳工在街上游荡，他们在亚洲金融风暴期间失去了一切身家，致富的梦想也破灭了。
导演蔡明亮依此着手拍摄关于他们的电影，多年后面貌更改，成为后来的《黑眼圈》。《沉睡在黑水之上》记录了蔡明亮在2006年回到吉隆坡拍摄《黑眼圈》的实况。

影片由4部短片组成，在四个组成部分中，顾长卫的《龙头》讲述了一个作家、女孩、艺术家和拾荒者，在年年月月分分秒秒的等待中，或聚或散的故事。而蔡明亮则与老搭档李康生合作，讲述了叫“小康”的《行者》在城市里奔走的故事。金泰勇的《你何止魅力》是个喜剧，男主角为了安抚病重的老父，花钱雇佣假女友，没想到假戏真做。而许鞍华则继续聚焦香港小市民的生活，吴镇宇在《我的路》里是一个深得女人心的好老公和老爸爸，但是，他内心的向往却是——变性！

这部纪录片讲述的是一名穿着一身红袍的僧人到法国马赛“旅行”的故事。开头第一个镜头是一名垂垂老矣的先生躺在那里，摄像机在他布满皱纹的脸上定格，这一个长镜头持续了约有六分钟之久，不仅如此，全片都充斥了大量蔡明亮式长镜头，每一个场景都由不同的方式和角度来表述这名僧人极度缓慢的祈祷行走的过程。从里昂街头人潮汹涌的咖啡馆，走到一名在里昂居住的中国人的中国风十足的房间的窗口前；从地铁站入口楼梯下仰拍僧人下楼梯的过程，到在里昂一个广场通过偌大的反射镜面倒看僧人和人群的一种无关的交流。里昂街头的人群便在这样无心的纪录之下闯入镜头，与这名僧人发生某种不具倾向性的互动。或是观察或是凝视或是敬畏，更多的是匆匆而过。

在电影的最后一幕，屏幕上显出了四行小字，意思是万物皆空，皆是幻影。这也是在全片没有任何配乐语言前提下的唯一文字。整个放映厅鸦雀无声，直到字幕停灯亮起才响起了掌声。记者采访了几名刚观影结束的观众，西班牙男生用“太棒了”来形容，他说不知为何明明没有音乐也没有人说话却让他觉得宁静而感动。来自伦敦的一男一女分别都认为这是他们看过非常震撼的纪录片之一，一定会把这个推荐给他们的朋友们。

在这部卢浮宫的定制作品里，除了将卢浮宫的多处细节摄入画面，蔡明亮最大的乐趣是有机会将摄影机对准那些有历史的脸：特吕弗的妻子芬妮·亚当、“安托万”让-皮埃尔？利奥德、“新浪潮女神”让·莫罗、特吕弗扶植出道的娜塔莉·贝伊……　蔡明亮采用了伪纪录片的结构：台湾导演李康生计划在卢浮宫拍摄电影，他对法国演员仰慕已久，想邀请他们来演出，但状况频出让他心力交瘁。这种以李康生为化身的暧昧布局，也很容易勾动影迷的记忆，以及导演和女演员间那层微妙的情愫。　

作过一次临时演员后，小康（李康生 饰）罹患歪脖子的怪病，父亲（苗天 饰）带其四处求医。
父亲虽已有妻、子，却是贪恋年轻男孩身体的同性恋者，家庭对他早已名存实亡，已丧失承担责任的能力（或认为并没什么责任要承担）。可是对于小康，他又不自觉扮演起传统意义上的“父亲”角色，却也只能是失职的。小康是年轻的同性恋者，可是却并不清楚自己期望从同性处获得怎样一种安慰，父母的貌合神离不但令他对男女关系失掉信心，对同性关系的理解也盲目地认为只是两具肉体的短暂吸引、结合。而作为被丈夫与儿子同时冷落的母亲（陆筱琳 饰），则只能默默忍受肉体与精神的双重饥渴与孤独。