孔飞力以政治参与、政治竞争、政治控制为主轴，将中国现代国家形成与发展的“根本性议程”归结为三组相互关联的问题或矛盾：政治参与的扩展与国家权力加强之间的矛盾（本书第一章）；政治竞争的展开与公共利益的维护之间的矛盾（第二章）；国家的财政汲取能力同地方社会财政需求之间的矛盾（第三章）。这三组问题并非始于清代，而是历朝历代都要面对的，但却跨越了朝代鼎革一直存在到帝制晚期，并在帝制崩溃后继续成为20世纪中国现代国家构建时的基本问题。
孔飞力认为，当政治环境的变化对社会形成重大威胁时，人们便会围绕着种种“根本性议程”开始形成共识。在中国帝制晚期，深植于历史文化之中的种种知识资源，是在怎样的历史环境下，经过哪些人的努力，导致了向着现代性、具有中国特质的“现代国家”渐次发生转变？孔飞力通过论述魏源、冯桂芬、梁启超、章太炎等人的思想，结合晚清以来相关的历史叙事，较为宏观地回应了这一问题。
孔飞力对这部《中国现代国家的起源》非常自负。相对于孔的另外三部专著和其他专题论文，这本书确实很不寻常，此书的初稿是讲座稿，孔飞力别的论著均为实证研究；在本书中作者试图对一些较为宏观的问题作出正面回答，而不再隐藏在具体问题的研究背后。总的来说，孔飞力治学的宗旨，他所思考的核心问题，在此书中有最为直接的展现。
书中各章是以作者在法兰西学院所作的系列讲座（1994年）为基础改写而成，1999年先以法文出版，英文版于2002年推出，此次中文版首次问世。