人类第一次经历的大规模宇宙空间战争，就是地球联邦政府和吉恩公国之间曾经爆发的那场战争。 在战争的最后一年，人型机动兵器 —— Mobile Suit（即 MS）进入了实用期。之后又过了 10 年.....
宇宙历 UC0087 年。居住在地球上的人和居住在殖民卫星中的人之间的纷争依然硝烟未息，人们的灵魂至今依然没有摆脱地球引力的束缚......
居住在殖民卫星グリーンノア２的少年卡缪—比坦，因为同联邦军军人发生争执，一怒之下夺走了新型 MS — 高达 Ｍｋ—Ⅱ。并加入了反地球联邦组织『奥古』。在高达 Ｍｋ—Ⅱ 被夺走后，联邦军的精锐组织『提坦斯』使出了将卡缪的双亲强行劫为人质的卑劣手段。结果，卡缪亲眼目睹了双亲在自己眼前死亡。此时，在卡缪身边的是大尉古华多洛—巴吉纳，这位就是前吉恩公国军队中的王牌机师夏亚—阿兹纳布鲁。他一直坚信军队的存在是必须。带着失去双亲的痛苦又马上加入『奥古』的卡缪，在突破大气层向地球降下的过程中，又遇见了一个男人。此人就是夏亚昔日的夙敌，传说中的男子阿姆罗-雷......

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。

第一次新吉恩战争（哈曼反乱）结束后，宇宙世纪0089下半年间，联邦对太空殖民地加强了经济等方面的制裁，但此类措施的实行，亦只会引起宇宙移民对立情绪急剧上涨、各路反联邦势力纷纷崛起而已。
宇宙世纪0090年2月，联邦为收容难民建起殖民卫星——“甘泉”；但此时在无人知晓的情况下，于哈曼死后重掌新吉恩指挥权一度销声匿迹的夏亚‧阿兹纳布已秘密潜入并藏身其中。
3月，联邦军为维持军事上的威慑力，建立外围独立精锐部队郎德‧贝尔，由实战经验老道的布莱德‧诺亚上校担任指挥官，队中更有以“一年战争”时期著名的王牌MS驾驶员阿姆罗‧雷上尉为核心的众多精英作为成员。
宇宙世纪0092年12月，夏亚‧阿兹纳布在接受电视采访时发表了向地球联邦政府的宣战布告，第二次新吉恩战争（亦称阿克西斯战争或夏亚之乱）由此正式爆发。
然而，正当阿姆罗‧雷等人与新吉恩军进行着殊死战斗时，一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性，加上收受贿赂，而准备前往SIDE6，与新吉恩方面进行秘密接触。
由富野由悠季撰写的小说版《逆袭的夏亚》共有两种版本。 其一是在德间书店的《Animage》杂志上连载，当初题名为‘机动戦士GUNDAM HIGH STREAMER ’后来在Animage文库刊行时更改名称成为“逆袭的夏亚”。之后再改为原标题并且再版，归属于德间デュアル文库系列。
其二是富野最初为电影创作的剧本稿，在内部审查时由于受到“不想让观众看到娶妻生子的阿姆罗”的意见所以并未成为正式剧本，而后富野以此初稿为基础写出小说版《逆袭的夏亚-贝尔迪琦嘉的子嗣》，由角川スニーカー文库发行。