人类第一次经历的大规模宇宙空间战争，就是地球联邦政府和吉恩公国之间曾经爆发的那场战争。 在战争的最后一年，人型机动兵器 —— Mobile Suit（即 MS）进入了实用期。之后又过了 10 年.....
宇宙历 UC0087 年。居住在地球上的人和居住在殖民卫星中的人之间的纷争依然硝烟未息，人们的灵魂至今依然没有摆脱地球引力的束缚......
居住在殖民卫星グリーンノア２的少年卡缪—比坦，因为同联邦军军人发生争执，一怒之下夺走了新型 MS — 高达 Ｍｋ—Ⅱ。并加入了反地球联邦组织『奥古』。在高达 Ｍｋ—Ⅱ 被夺走后，联邦军的精锐组织『提坦斯』使出了将卡缪的双亲强行劫为人质的卑劣手段。结果，卡缪亲眼目睹了双亲在自己眼前死亡。此时，在卡缪身边的是大尉古华多洛—巴吉纳，这位就是前吉恩公国军队中的王牌机师夏亚—阿兹纳布鲁。他一直坚信军队的存在是必须。带着失去双亲的痛苦又马上加入『奥古』的卡缪，在突破大气层向地球降下的过程中，又遇见了一个男人。此人就是夏亚昔日的夙敌，传说中的男子阿姆罗-雷......

故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

宇宙世纪0087，夏亚·阿兹纳布尔现在已成为AEUG的领导者。来自木星的西罗克计划控制提坦斯。阿克西斯的领导人哈曼正试图恢复扎比家族的权势。三方势力通过政治和战略争夺地球球体的统治权。战争在太空殖民地格里普斯2号周围以惨烈的结局结束，格里普斯2号已经变成了巨大的激光炮。一切结束的时候卡缪的将有怎样的命运？